L’établissement scolaire, en tant qu’organisation complexe, constitue une unité d’analyse privilégiée pour mieux comprendre les liens entre dynamiques collectives et processus individuels. Néanmoins, les données recueillies auprès des différents acteurs, éclairant les coulisses de l’établissement, peuvent être potentiellement sensibles. Dès lors, les nouveaux principes de la science ouverte nous invitent à nous interroger sur le cycle de vie de ce type de données dans le cadre de recherches compréhensives : comment concilier protection des acteurs et respect des normes de la science ouverte ? Comment documenter et rendre compte de la complexité sans exposer les personnes ? Notre contribution présentera les problématiques soulevées lors du travail d’anonymisation mené autour du projet « Cartographie du leadership professionnel au sein des établissements scolaires » , recherche soutenue par le Fonds national suisse de la recherche scientifique. Nous questionnerons les étapes méthodologiques réalisées, espérant contribuer à une réflexion que nous jugeons utile pour les prochaines recherches menées en établissement.